La Faculté des lettres et sciences humaines (FLSH) abrite quinze instituts qui représentent leur discipline dans les piliers de baccalauréat et de maîtrise universitaires.

Ces instituts initient les étudiants/tes à la pratique rigoureuse de leur discipline, pratique sans laquelle l'interdisciplinarité ne peut pas reposer sur des bases solides. Le personnel des instituts réunit des enseignants/tes qui sont tous/toutes des chercheurs et des chercheuses.

Vu sa taille, la Faculté offre d'excellentes conditions d'encadrement aux étudiants/tes qui désirent comprendre l'attrait comme les mécanismes de la recherche. La plupart des instituts offrent même une participation directe à des programmes de recherche en cours.

• Institut d'archéologie (IA)
• Institut d'ethnologie (ETHNO)
• Institut de géographie (IGG)
• Institut d'histoire (IH)
• Institut d'histoire de l'art et de muséologie (IHAM)
• ​Institut de langue et civilisation française (ILCF)
• Institut de langue et littérature allemande (ILLAL)
• ​Institut de langue et littérature anglaise (ILLAN)
• Institut de langue et littérature hispanique (ILLH)
• ​Institut de littérature française (ILF)
• Institut de philosophie (IPHILO)
• Institut de psychologie et éducation (IPSYED)
• Institut des Sciences du langage et de la communication (ISLC) 
• Institut de sociologie (ISOCIO)
• Institut Forum suisse des migrations (SFM)
• Laboratoire d’études des processus sociaux 

Les instituts sont regroupés en Maisons, qui gèrent des piliers communs, mènent des recherches pluridisciplinaires et réfléchissent sur l'ambition globale des disciplines affiliées.

• La Maison de la Philosophie
  Coordinateur: Prof. Richard Glauser
  Secrétaire: Catherine Petruzzi
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• La Maison des Sciences historiques (MASH)
  Coordinateur: Prof.  Pierre-Alain Mariaux
  Secrétaire: Ketty Villemin
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• La Maison d'Analyse des Processus sociaux (MAPS)
  Coordinatrice: Prof. Janine Dahinden
  Coordinateur suppléant : Prof. Gianni d'Amato
  Secrétaire: Aylin Eriksen
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• La Maison des Littératures (MALIT)
  Coordinateur: Prof. Alain Corbellari
  Secrétaire: Catherine Petruzzi
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• La Maison des Sciences du Langage et de la Communication (SciLAC)
  Coordinateur: Prof. Martin Hilpert
  Secrétaire: François Spangenberg